新建的重庆温室大棚一定要进行土壤深翻，至少要翻到35-40厘米，并配合施用大量有机肥改良土壤，通常每亩使用稻壳粪25-30方。由于新建棚室中土壤大多是生土，菜农还要注意使用一些三元素复合肥和中微量元素肥料。

温室大棚施底肥方式一般有两种，一种是粪肥+复合肥+微肥+生物菌肥的模式，另一种是豆粕肥+复合肥+微肥+生物菌肥的模式，施用时应根据自己种植习惯选择。

复合肥在施用时，要切记不能与粪肥一起施用，这样施用会使得复合肥养分部分流失，施用效率很低，既浪费了成本，起到的作用又有限；施用微肥时注意：避免集中施用、避免单独施用、避免大量施用。 避免集中施用就是要求微肥与粪肥一起底施，深翻入土，避免因集中冲施或沟施造成烧苗现象。避免单独施用就是要求各种类微肥综合使用，避免单独施用造成植株吸收不良的现象，如硼肥就需与钙肥同步施用。避免大量施用要求微肥施用量少、种类全，避免多次施用。蔬菜种植过程中肥料施用是关键，谨慎施用常放心头。